Portrait : Quel financement pour ma thèse ? Trois parcours, trois regards

Pouvez-vous présenter en quelques mots et préciser votre mode de financement ?

Robin : Je m’appelle Robin Cahuzac. Mon sujet de thèse porte sur « l’étude des mécanismes d’action de substances naturelles actives par des approches métabolomiques ». Je suis rattaché à la fois au laboratoire CRIOBE et à l’entreprise AkiNaO, dans le cadre d’une thèse CIFRE.

Plus concrètement, je développe un protocole expérimental pour étudier le mode d’action d’un biofongicide appelé Inulagreen, un extrait végétal issu de l’inule visqueuse (Dittrichia viscosa), développé par AkiNaO. Un fongicide est une substance utilisée pour lutter contre des champignons pathogènes J’analyse les variations du métabolisme – c’est-à-dire l’ensemble des petites molécules présentes dans le champignon – en comparant des échantillons traités et non traités.

Nolwenn : Je m’appelle Nolwenn Seigneur, je suis doctorante en première année au laboratoire du CRIOBE. Ma thèse est financée par le CNRS via le programme de thèse handicap.

Je travaille sur la caractérisation phytochimique de la fleur mahoraise. Initialement, je devais étudier l’ylang-ylang de Mayotte, mais à la suite du cyclone, cela n’a pas été possible. Je me suis donc orientée vers des espèces d’Ocimum, des basilics présents sur l’île.

Aurélien   : Je m’appelle Aurélien Gaunet, je suis doctorant au CRIOBE et au LGDP (Laboratoire Génome et Développement des Plantes). Ma thèse s’intitule « Approche multiomique pour la conservation de la dernière population de Damier de Godar en France », un papillon menacé. Concrètement, je m’intéresse aux interactions entre la plante hôte qui nourrit les chenilles, la plante nourricière qui alimente les papillons adultes, et le papillon lui-même, en étudiant notamment les interactions chimiques impliquées. J’étudie également la génétique des populations de ce papillon.

Ma thèse s’inscrit dans le programme de conservation du papillon, avec des volets plus opérationnels comme le suivi des populations ou la gestion et restauration de ses habitats. Elle est financée en partie par le fonds vert, un dispositif mis en œuvre par l’État pour accélérer la transition écologique dans les territoires et soutenir des projets environnementaux.

Comment vous est venu l’idée de faire une thèse ? Comment est-ce que vous avez obtenu son financement et quel impact ce financement a-t-il eu sur le choix de votre sujet de thèse ?

Robin : L’idée de faire une thèse m’est venue avant même de commencer mon stage de master 2. Mon maître de stage m’avait proposé ce stage en me précisant qu’il pourrait déboucher sur une thèse. J’ai donc accepté avec cette perspective en tête.

Le financement a été obtenu via le dispositif CIFRE. Avec l’entreprise AkiNaO et le laboratoire CRIOBE, nous avons déposé, au cours du stage, un dossier auprès de l’ANRT (Association Nationale de la Recherche et de la Technologie). Ce dossier détaille les modalités du partenariat : sujet de recherche, méthodologie, lieux de travail, questions de confidentialité et de propriété intellectuelle. Tout s’est déroulé assez simplement dans mon cas : le dossier a été accepté du premier coup, et j’ai pu débuter ma thèse dans la continuité de mon stage.

Nolwenn : Je savais depuis la licence que je voulais faire une thèse : c’était un objectif de longue date. En 2023, durant mon stage de M2 au CRIOBE j’ai reçu un mail du service handicap de l’université, évoquant l’existence de bourses doctorales spécifiques. J’ai pris contact avec mon futur directeur de thèse pour explorer les possibilités de poursuite en doctorat. Il m’a proposé plusieurs sujets et j’ai choisi celui qui correspondait le mieux à mon projet professionnel.

J’ai postulé une première fois en 2023, mais je n’ai pas obtenu de financement. J’ai donc enchaîné avec un second master. En 2024, j’ai retenté ma chance avec un nouveau sujet, toujours accompagné du même directeur, et j’ai candidaté à plusieurs financements (ministériel, CNRS, dispositif handicap). J’ai finalement obtenu un financement du CNRS via le programme de thèse handicap. Ce financement a permis de sécuriser le projet et de le recentrer sur des espèces de plantes disponibles à Mayotte, après que le cyclone ait rendu l’étude initiale sur l’ylang-ylang momentanément impossible.

Aurélien : Mon parcours est un peu différent. Cela fait plusieurs années que je travaille en tant que chef de projet biodiversité dans une association de protection de la nature des Pyrénées-Orientales (le Groupe Ornithologique du Roussillon). Mon travail consiste à monter et coordonner des projets d’étude et conservation de la biodiversitée.
L’idée de faire une thèse est née, petit à petit, à partir d’un projet que j’ai monté, en lien avec la conservation du Damier de Godar. Ce projet contenait une composante scientifique importante, nécessaire pour bâtir des actions de conservation pertinentes. En échangeant avec des chercheurs de l’Université de Perpignan, j’ai réalisé que cette partie scientifique pouvait constituer à elle seule un sujet de thèse.

Cette idée a mûri progressivement, avec le soutien des chercheurs qui m’ont aidé à formaliser le projet.
D’un point de vue personnel, je ressentais depuis longtemps le besoin de creuser un sujet en profondeur, après des années à effleurer plein de thématiques à la fois dans mon métier.
Concernant le financement, j’ai bénéficié du financement de mon projet par le Fond vert, un dispositif de l’État dédié à la transition écologique. Comme souvent dans les montages de projets, le processus d’instruction a été long (près de 8 à 9 mois d’attente).

« Nous avons accès, en termes de matériel, exactement à la même chose »

Comment votre financement a influencé sur le choix de votre sujet de thèse ?

Robin :  Dans mon cas, le sujet m’a été proposé directement par l’entreprise. Il répondait à des enjeux industriels concrets avec l’objectif de créer une nouvelle offre de service pour AkiNaO. Comme il faisait suite à mon stage de master, sur lequel j’avais déjà bien avancé, j’ai tout de suite adhéré au projet. Je n’ai donc pas eu à chercher un sujet de thèse par moi-même, ni à approcher une entreprise pour le faire financer : c’est le dispositif CIFRE qui s’est construit autour d’un besoin déjà identifié par l’entreprise.

Nolwenn : De mon côté aussi, les sujets proposés répondaient à des problématiques concrètes, en lien avec les territoires des Pyrénées-Orientales et de Mayotte, où l’Université de Perpignan est très impliquée. Sur les trois pistes évoquées avec mon directeur, deux me correspondaient particulièrement. Le premier était une continuité de mon travail de M2, mais j’ai finalement choisi le second, plus en lien avec mon second master et mes aspirations professionnelles : travailler sur des molécules naturelles à potentiel cosmétique ou pharmacologique. Le sujet s’est donc affiné en fonction des opportunités de financement disponibles, tout en restant cohérent avec mes intérêts.

Aurélien : Dans mon cas, le financement a eu un impact déterminant sur la construction du sujet. Dans le monde associatif, il est très rare d’avoir accès à des financements stables sur trois ans — la plupart sont ponctuels, annuels, voire sur deux ans au maximum. Le Fonds vert représentait une opportunité unique, car il offrait justement cette stabilité. J’ai donc construit mon sujet de thèse à partir d’un projet plus large que je coordonne dans mon association, en identifiant une partie scientifique qui pouvait faire l’objet d’un travail doctoral. Sans cette visibilité sur le financement, je n’aurais tout simplement pas pu envisager de me lancer dans une thèse.

 Est-ce que vos financements vous donnent des obligations ou des contraintes spécifiques ?

Robin : De façon générale, et c’est le cas je pense pour tous les doctorants, il y a une nécessité de fournir du travail, car à la fin de chaque année, il y a ce que l’on appelle « un comité de suivi individuel », qui nous permet de passer en deuxième et en troisième année. Si on ne fournit pas suffisamment de travail, on ne passe pas, et la thèse s’arrêtera là.

Spécifiquement, concernant mon entreprise, j’ai un contrat de travail qui m’impose le respect d’un certain nombre d’heures de présence ou de télétravail. Aussi, dans le cadre de ma thèse CIFRE, j’ai un rapport d’activité individuel à fournir auprès de l’ANRT, signé à la fois par mon entreprise, moi-même et le laboratoire, le CRIOBE. Je réalise aussi des suivis réguliers avec mes encadrants de thèse pour faire des points scientifiques et stratégiques.

Aurélien : J’ai aussi des contraintes : en tant que coordinateur du programme, je dois rendre des comptes, tous les semestres, aux financeurs, qui sont à la fois l’État, le Conseil départemental de l’Aude et le Conseil départemental des Pyrénées-Orientales. Une convention nous lie pour les aspects techniques et financiers. Toutefois, ma plus grosse contrainte, c’est de mettre en œuvre le programme dans les délais impartis : j’ai trois ans pour que toutes les actions soient réalisées.

Nolwenn : Pour mon contrat, je dois faire un compte-rendu au CNRS à la fin de chaque année afin qu’il constate l’avancée de mes travaux de thèse. Je fais déjà des points régulièrement avec mes encadrants, en sachant que pour moi, le projet a migré en cours de route, puisqu’au bout de deux mois il a pris un coup de vent… C’est un peu déroutant, et il faut réussir à s’adapter lorsque l’on travaille sur du vivant, sur l’environnement. Moi, je ne suis pas vraiment contrainte par le financement, mais par le sujet, par l’environnement. Et comme pour tous les doctorants, le CSI nous permet de faire le point sur l’avancer de nos travaux, et nous permet de continuer notre thèse ou y met un arrêt.

Comment organisez-vous votre semaine en termes de présence sur votre lieu de travail et dans le laboratoire ?

Robin : Il y a un certain pourcentage de présence attribué à l’entreprise et au laboratoire. Moi, c’est 60 % pour la première, 40 % pour le second. Cependant, pour l’instant, c’est un peu particulier, car mon entreprise, AkiNaO, est hébergée au sein du laboratoire CRIOBE, donc les bureaux des deux entités sont au même endroit, pour l’instant.

Cependant, on ne va pas tarder à déménager à Ponteilla. Je ne sais pas encore comment je vais m’organiser, mais j’imagine que je vais diviser mon temps. En soi, l’activité que je fournis va être la même, donc ça ne va pas beaucoup changer mon quotidien.

Aurélien : Pour le moment, je suis essentiellement au CRIOBE les jours où je suis disponible. Lorsque je ne suis pas dans le laboratoire, je suis sur le terrain, notamment sur les sites de présence de l’espèce. Cet aspect-là est plus saisonnier.

J’essaie d’aller un jour toutes les semaines dans les locaux de l’association, pour garder le contact avec mes collègues. Aussi, il y a plein de choses que je peux faire d’un peu n’importe où, notamment tout ce qui est traitement et analyse des données. Je peux le faire du CRIOBE, des locaux de l’association ou de chez moi. C’est vraiment le travail de laboratoire qui ne peut être fait ailleurs que dans un laboratoire.

Robin : Pour rebondir sur ce que dit Aurélien, je dirais que cela ne changera pas beaucoup. En effet, la majeure partie de mon travail consiste en du retraitement de données. Que je le fasse dans mon laboratoire, au CRIOBE, ou en entreprise, cela ne me change rien. Cependant, en ce qui concerne les expérimentations, tout dépend du matériel disponible dans le laboratoire et dans l’entreprise. Et c’est là que je vais adapter et orienter mon temps dans un endroit plutôt que l’autre.

Quel degré d’autonomie avez-vous dans votre travail ? Êtes-vous soumis à des attentes spécifiques ? Est-ce qu’on vous soumet des missions spécifiques ?

Nolwenn : Nous sommes quand même très autonomes dans notre travail. Nous avançons de nous-mêmes en consultant nos directeurs de thèse de façon régulière, pour voir si nous sommes dans la bonne direction. On peut s’organiser un peu comme on veut. S’il y a des jours où on veut faire du télétravail, rester à la maison, parce que ce qu’on fait nous permet de le faire depuis chez nous, on peut le faire sans grandes contraintes.

Aurélien : Je nuancerais pour ma part, parce que paradoxalement, le fait de retourner au laboratoire après des années sans y avoir mis les pieds, je ne me sentais pas du tout autonome dans l’utilisation des outils ou des machines à notre disposition. J’avais vraiment besoin d’être accompagné car j’avais un peu peur de faire n’importe quoi. L’autonomie est en cours d’acquisition.

Robin : On est assez autonome dans la gestion du temps, et dans l’idée que j’appartiens à une entreprise, il faut que je respecte sa politique, je suis soumis à ses obligations.

Concernant notre travail, nous ne pouvons pas encore nous considérer comme des experts. De ce fait, nous sommes encadrés par des personnes qui vont stratégiquement nous orienter. Sur l’aspect technique, nous avons également de l’aide, que ce soit sur les appareils ou les logiciels que l’on va utiliser. L’avantage de la thèse, c’est que c’est encore un parcours d’apprentissage. Nous sommes aussi là pour continuer à apprendre grâce à des formations diverses et variées qui nous permettent d’acquérir de nouvelles compétences pour traiter notre sujet.

« L’avantage de la thèse, c’est que c’est encore un parcours d’apprentissage. Nous sommes aussi là pour continuer à apprendre grâce à des formations diverses et variées qui nous permettent d’acquérir de nouvelles compétences pour traiter notre sujet. » 

Est-ce que vous avez l’impression d’avoir accès aux mêmes ressources, que ce soit en termes de matériel, de formation ?

Nolwenn : Etant donné que nous sommes du même laboratoire, nous avons accès, en termes de matériel, exactement à la même chose.

Aurélien : C’est aussi beaucoup en fonction de nos besoins. En fonction des analyses que l’on va faire, on ne va pas forcément avoir besoin de la même formation. Ce n’est pas pour autant que l’on n’y aurait pas accès si on en avait besoin.

Robin : Pour ma part, c’est un peu différent encore, notamment pour le matériel ou certains déplacements. Je bénéficie à la fois des ressources de l’entreprise et de celles du laboratoire. Niveau formation, je pense qu’on est logé à la même enseigne.

Dans quelle mesure le lien avec votre financeur influence-t-il vos recherches, notamment en termes d’orientation, de résultats ou de contraintes ?

Robin : Mon projet de thèse répond à des attentes industrielles, mais cela ne modifie en rien la manière dont je mène mes recherches. Mon objectif reste de répondre à une question scientifique précise, et pour cela, je mets à profit les ressources de l’entreprise et du laboratoire. Je m’adapte aux contraintes de l’entreprise, mais cela n’influence pas le cœur de la recherche ni la qualité des résultats obtenus.

Aurélien: Mes recherches ne concernent que le volet « scientifique » du programme de conservation, les financeurs restent donc assez en retrait par rapport aux résultats de ces recherches. Ils se focalisent sur l’évaluation globale du projet, car le plus important est que celui-ci soit mis en œuvre dans sa globalité. J’essaie cependant de faire des petits points d’avancement assez réguliers avec les financeurs ; ça peut être un mail, un coup de fil pour demander quelque chose et en profiter pour les tenir informés. Mais sinon, il n’y a plus de lien que ça.

Nolwenn : De mon côté, le financeur, c’est le CNRS, et il n’impacte pas plus que ça. Je ne suis pas vraiment en lien avec eux. Je les ai vus au début de ma thèse pour mettre en place le contrat, mais c’est tout. On avait parlé d’une fois par an, où on ferait un point pour voir l’avancement et que ce ne soit pas une thèse dans laquelle je ne fais rien.

Robin : On ne subit pas de pression dans nos recherches pour obtenir des résultats. On essaie d’en obtenir des résultats, mais ce n’est pas garanti, et le financeur ne doit pas influencer ce processus.

Quels sont les avantages et les inconvénients de votre financements de thèse ?

Robin : De mon côté, l’un des avantages est de bénéficier à la fois des ressources de l’entreprise et du laboratoire, tant en termes de matériel que de mobilité. Un autre avantage, et c’est plutôt personnel, est de savoir que mon travail, si j’obtiens des résultats, répond à des besoins industriels concrets de l’entreprise.

En revanche, l’un des inconvénients peut être la complexité à créer une entreprise directement liée à son sujet de thèse, en raison des droits de propriété intellectuelle partagés avec l’entreprise partenaire.

Nolwenn : L’avantage du financement de thèse « handicap » est qu’il offre une opportunité supplémentaire aux étudiants en situation de handicap d’accéder à la thèse, sachant que les financements de thèse sont souvent difficiles à obtenir. Cela représente un véritable coup de pouce pour obtenir un financement. Pour ma part, je ne vois pas d’inconvénient à ce type de financement.

Aurélien : Ce financement m’a permis d’accéder à des ressources, qu’elles soient matérielles, bibliographiques ou scientifiques auxquelles je n’aurais pas eu accès si je n’avais pas été doctorant, ce qui aurait été dommageable pour la mise en oeuvre du programme. Étant donné que l’on travaille sur du vivant, il est rare que les résultats soient exactement ce que l’on attend, donc avoir un encadrement scientifique extérieur est également très important.

Un autre gros avantage pour moi de travailler avec le milieu de la recherche universitaire est l’accès à d’autres sources de financement. Nous avons pu répondre à deux appels à projets de la fondation UPVD et de la FREE, et avons obtenu, pour chacun environ 5500€, soit plus de 10 000€. Cela permet de co-financer le programme et d’offrir d’autres possibilités. Sans être connecté à l’université, il serait impossible de candidater à ces appels à projets en tant que petite association locale.

« Il est crucial de choisir un sujet qui te passionne vraiment, car tu vas y consacrer plusieurs années de ta vie. Avant même de penser à la manière de financer ta thèse, assure-toi que le sujet te motive à long terme. »

.Que souhaitez-vous faire après la thèse ? Comment vos différents contrats influent sur vos projets ou pas ?

Robin : Pour l’instant, mon objectif est d’être embauchée chez AkiNaO. Ça me semble être la suite logique.

J’ai choisi de faire une thèse CIFRE parce que je visais une insertion dans le secteur privé. Je ne pense pas que ce type de financement empêche un retour vers le public, mais il me semble que ça pourrait facilitee l’accès au privé. Toutefois, je ne crois pas que le mode de financement influence directement les perspectives d’avenir. Cela peut traduire une volonté du doctorant de se rapprocher d’un secteur en particulier, mais cela ne fermera pas de portes, je pense.

Nolwenn : J’aimerais poursuivre dans la voie académique, devenir enseignante-chercheure. L’enseignement m’intéresse tout autant que la recherche, donc c’est un équilibre qui me conviendrait bien. Cela dit, je ne me ferme pas aux autres possibilités, notamment aller dans le privé ou même monter une entreprise en fonction des résultats de ma thèse.

Aurélien : Pour moi, cette thèse m’ouvre davantage de portes qu’elle n’en ferme. Est-ce que ce sera juste une parenthèse de trois ans ou est-ce que j’aurai envie de poursuivre ? C’est fort probable, mais je ne le sais pas encore. Peut-être que des opportunités de post-doc intéressantes se présenteront. En tout cas, je ne me ferme aucune porte.

Quel conseil donneriez-vous a un futur doctorant ?

Aurélien : Moi je pense qu’il ne faut pas se fermer les portes. Pour ma part, ça fait des années que j’ai ça en tête même si le sujet n’était pas forcément défini en amont. Là, c’est parce que ça s’est bien goupillé, qu’il y a eu cette opportunité-là, que le sujet potentiel me plaisait. Il faut aussi savoir prendre le temps, ne pas avoir peur de faire autre chose et d’y revenir.

Robin : C’est compliqué de donner un conseil général, car je pense que tous les doctorants sont différents. Mais il est crucial de choisir un sujet qui te passionne vraiment, car tu vas y consacrer plusieurs années de ta vie. Avant même de penser à la manière de financer ta thèse, assure-toi que le sujet te motive à long terme.

Dans le cadre d’une thèse CIFRE, il faut aussi veiller à être aligné avec les valeurs de l’entreprise. C’est important de te sentir en accord avec ce que tu fais, car tu vas non seulement défendre un projet scientifique, mais aussi participer à un projet « industriel », avec potentiellement des applications pratiques.

Nolwenn : Il ne faut pas avoir peur d’aller toquer aux portes tout simplement… Demander, notamment dans les laboratoires, s’il y a des possibilités de continuer en thèse, aller sur les différentes plateformes pour voir les différents sujets de thèse qui sont disponibles, les stages, les post-doc. Je pense à la plateforme de l’association Bernard Gregory.

Aurélien : Après je ne veux pas que ce que j’ai dit au niveau de saisir des opportunités soit mal interprété, je pense que c’est quelques chose auquel il faut vraiment avoir réfléchi en amont. C’est un investissement sur 3 ans, il ne faut pas non plus saisir la première opportunité venue. Il faut vraiment choisir un sujet de thèse dans lequel on a envie de s’investir.

Nolwenn : Il faut aussi choisir une bonne équipe encadrante car si pendant trois ans on n’a pas le feeling, ça peut être long.